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SEED version cvs.1555556707 (3/17/2019 22:5:7) on gum.mcs.anl.gov
The SEED

Subsystem: Experimental_Sulfur_transfer_Archaea

Author: vcrecy


Functional Roles
Column Abbrev Functional Role GO Pre-Computed Publication(s) Relevant Publication(s)
1 CysS Cysteinyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.16) Add Publication(s)
2 CysK Cysteine synthase (EC 2.5.1.47) 5 Publication(s) Add Publication(s)
3 SepRS O-phosphoseryl-tRNA(Cys) synthetase (EC 6.1.1.27) Add Publication(s)
4 SepCysS O-phosphoseryl-tRNA:Cysteinyl-tRNA synthase Add Publication(s)
5 PAPS? PAPS reductase-like domain Add Publication(s)
6 PUA PUA domain fused with PAPS reductase-like protein Add Publication(s)
7 COG4027 Uncharacterized archaeal domain COG4027 Add Publication(s)
8 Fe-S putative 4Fe-4S cluster domain Add Publication(s)
9 DUF4007 DUF4007 Add Publication(s)
10 CDS Cysteine desulfurase (EC 2.8.1.7) 5 Publication(s)
11 IscU/NifU-like Iron-sulfur cluster assembly scaffold protein IscU/NifU-like Add Publication(s)
12 CDS_IscS Cysteine desulfurase (EC 2.8.1.7), IscS subfamily Add Publication(s)
13 IscU Iron-sulfur cluster assembly scaffold protein IscU Add Publication(s)
14 PApSR Phosphoadenylyl-sulfate reductase [thioredoxin] (EC 1.8.4.8) 8 Publication(s) Add Publication(s)
15 APSR Adenylyl-sulfate reductase [thioredoxin] (EC 1.8.4.10) Add Publication(s)
16 PUA3 archaeosine tRNA-ribosyltransferase (EC 2.4.2.-) PUA domain Add Publication(s)
17 thiI Thiamine biosynthesis protein thiI 2 Publication(s)
18 mj1025 L-Cysteine Desulfidase Add Publication(s)
19 CDS_SufS Cysteine desulfurase (EC 2.8.1.7), SufS subfamily Add Publication(s)
20 SufC Iron-sulfur cluster assembly ATPase protein SufC Add Publication(s)
21 SufB Iron-sulfur cluster assembly protein SufB Add Publication(s)
22 CObM CoB--CoM heterodisulfide reductase subunit A (EC 1.8.98.1) 7 Publication(s) Add Publication(s)
23 ppcs Phosphopantothenoylcysteine synthetase (EC 6.3.2.5) 2 Publication(s) Add Publication(s)
24 PP-loop ATP-utilizing enzyme of the PP-loop superfamily Add Publication(s)
25 Rhod Rhodanese-related sulfurtransferase Add Publication(s)
26 BioB Biotin synthase (EC 2.8.1.6) Add Publication(s)
27 Thi4 Thiazole biosynthetic enzyme Thi4 11 Publication(s) Add Publication(s)
28 LipA Lipoate synthase 25 Publication(s) Add Publication(s)
29 MoeB Dinucleotide-utilizing enzymes involved in molybdopterin and thiamine biosynthesis family 2 Add Publication(s)
30 SAMS Archaeal S-adenosylmethionine synthetase (EC 2.5.1.6) 3 Publication(s) Add Publication(s)
31 DUF265 Hypothetical ATP-binding protein, containing DUF265 domain 1 Publication(s) Add Publication(s)
32 CGS1 Cystathionine gamma-synthase (EC 2.5.1.48) 13 Publication(s) Add Publication(s)
33 SulfHy O-acetylhomoserine sulfhydrylase (EC 4.2.99.10) Add Publication(s)
34 SulfHy2 O-succinylhomoserine sulfhydrylase (EC 4.2.99.9) Add Publication(s)
35 CGS2 Cystathionine gamma-lyase (EC 4.4.1.1) 16 Publication(s) Add Publication(s)
36 CGS3 Methionine gamma-lyase (EC 4.4.1.11) Add Publication(s)
37 HK Homoserine kinase (EC 2.7.1.39) 13 Publication(s) Add Publication(s)
38 HSAT Homoserine O-acetyltransferase (EC 2.3.1.31) 9 Publication(s) Add Publication(s)
39 CBL Cystathionine beta-lyase (EC 4.4.1.8) 11 Publication(s) Add Publication(s)
40 CIMS 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase (EC 2.1.1.14) 19 Publication(s) Add Publication(s)
41 TEST Uncharacterized ATPase (AAA family) associated with cysteine desulfurase Add Publication(s)
42 GMPS GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] (EC 6.3.5.2). Add Publication(s)
43 Acs 5-tetrahydromethanopterin:corrinoid iron-sulfur protein methyltransferase Add Publication(s)
44 TilSlike2 TilS-like type 2 Add Publication(s)

Subsets of Roles
Subset Includes These Roles
*CGS 32,33,34,35,36
CDS 10,12,19
PAPS?_fusions 5,6,7,8,9,19
test 1,2,3,18,20,21,24,26,32,33,35,36,43,44


Show Phylogenetic Tree
Basic Spreadsheet
Genome ID Organism Variant Code CysS CysK SepRS SepCysS PAPS? PUA COG4027 Fe-S DUF4007 CDS IscU/NifU-like CDS_IscS IscU PApSR APSR PUA3 thiI mj1025 CDS_SufS SufC SufB CObM ppcs PP-loop Rhod BioB Thi4 LipA MoeB SAMS DUF265 *CGS HK HSAT CBL CIMS TEST GMPS Acs TilSlike2
644279.4 Staphylococcus aureus subsp. aureus 132 [B] 0 602 585              
1774, 1861
                919 917 921   1225     2570   929      
427-32, 532-35
1417 103 426 424 1779      
904723.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus 21172 [B] 0 265 1708               761                 1981 1979 1983   346     2314   1990      
1234-32, 1158-35
467 1501 1235 1237 766      
904725.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus 21189 [B] 0 562 901              
1710, 1474
                1982 1984 1980   2232     1847   1972      
2346-32, 755-35
612 329 2347 2349 1479      
904726.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus 21193 [B] 0 1095 1311              
442, 357
                53 55 51   2464     1777   45      
670-32, 1433-35
146 966 671 673 362      
904759.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus 21305 [B] 0 1665 2591              
1346, 2418
                168 170 166   2147     1607, 1608   159      
534-32, 2652-35
2484 1794 535 537 2423      
904760.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus 21310 [B] 0 619 552              
1964, 2049
                854 852 856   113     2189   1653      
1785-32, 1713-35
2446 1422   1788 1969      
904763.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus 21318 [B] 0 797 56               2709                 1831 1833 1829   394     2211   1822      
2398-32, 1530-35
1144 978   2401 1025      
585143.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus 55/2053 [B] 0 1039 1022              
2247, 2158
                1367 1365 1369   1743     905   1377      
632-32, 705-35
1881 244 631 629 2163      
585144.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus 58-424 [B] 0 1050 1033               2183                 1727 1725 1729   1129     895   1736      
524-32, 600-35
1264 220 523 521 2188      
585145.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus 65-1322 [B] 0 1032 1014              
1885, 1978
                1355 1353 1357   2174     704   1364      
338-32, 410-35
2311 38 337 335 1890      
Genome ID Organism Variant Code CysS CysK SepRS SepCysS PAPS? PUA COG4027 Fe-S DUF4007 CDS IscU/NifU-like CDS_IscS IscU PApSR APSR PUA3 thiI mj1025 CDS_SufS SufC SufB CObM ppcs PP-loop Rhod BioB Thi4 LipA MoeB SAMS DUF265 *CGS HK HSAT CBL CIMS TEST GMPS Acs TilSlike2
585146.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus 68-397 [B] 0 1037 1020              
2156, 2244
                1359 1357 1361   1788     335   1368      
951-32, 239-35
1918 650 950 947 2161      
585147.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus A017934/97 [B] 0 55 37              
1231, 1318
                418 416 420   782     2057   428      
2686-32, 1958-35
934 2365 2685 2683 1236      
762962.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus ATCC 51811 [B] 0 165 2638              
362, 273
                1157 1159 1155   847     2082   1147      
1462-32, 1371-35
718 1779 1463 1465 357      
862516.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus ATCC BAA-39 [B] 0 2770 1337              
1661, 1575
                2422 2424 2420   2106     430   2412      
1177-32, 1284-35
1972 807 1176 1174 1656      
585148.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus Btn1260 [B] 0 55 38               1207                 387 385 389   700     2215   396      
1875-32, 1976-35
851 2526 1874 1872 1212      
585149.6 Staphylococcus aureus subsp. aureus C101 [B] 0 660 640              
1796, 1883
                981 979 983   1299     2608   990      
512-32, 584-35
1436 214 511 509 1801      
585150.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus C160 [B] 0 1080 1063               1882                 1412 1410 1414   2176     826   1421      
448-32, 549-35
2328 128 447 445 1888      
585151.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus C427 [B] 0 149 130               841                 449 447 451   1125     2416   458      
2240-32, 74-35, 75-35
1259 2726 2239 2237 846      
543538.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus CGS00 [B] 0 1698 1681              
258, 348
                1337 1335 1339   1467     547   1346      
1132-32, 2467-35
1614 843 1131 1129 263      
Genome ID Organism Variant Code CysS CysK SepRS SepCysS PAPS? PUA COG4027 Fe-S DUF4007 CDS IscU/NifU-like CDS_IscS IscU PApSR APSR PUA3 thiI mj1025 CDS_SufS SufC SufB CObM ppcs PP-loop Rhod BioB Thi4 LipA MoeB SAMS DUF265 *CGS HK HSAT CBL CIMS TEST GMPS Acs TilSlike2
543539.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus CGS01 [B] 0 1983 2395              
1478, 66
                1391 1389 1393   223     1296   1400      
768-32, 1931-35
350 915 767 765 61      
543540.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus CGS03 [B] 0 2153 2364               1301                 2019 2021 2017   51     452   2560      
1071-32, 1147-35
172 1598 1070 1068 1306      
93062.19 Staphylococcus aureus subsp. aureus COL [B] 0 559 542              
1723, 1634
                893 891 895   1199     2367   903      
415-32, 490-35
1324 12 414 412 1639      
93062.4 Staphylococcus aureus subsp. aureus COL [B] 1001 1029 1012               1510                 1070 1859 1072   1651     2482   1080      
889-32, 958-35
1452 31 888 886 1864      
585152.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus D139 [B] 0 446 428              
1707, 1617
                757 755 759   1062     2411   766      
270-32, 373-35
1304 2724 269 267 1622      
585153.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus E1410 [B] 0 1090 1073              
1988, 1900
                1414 1412 1416   2288     703   1423      
348-32, 421-35
2423 1020 347 345 1905      
685039.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus ED133 [B] 0 583 564              
1777, 1690
            1776   889 887 891   1264     2540   899      
404-32, 507-35
1397 13 403 401 1695      
681288.4 Staphylococcus aureus subsp. aureus ED98 [B] 0 482 465               1620                 815 813 817   1188     2453   888      
332-32, 412-35
1310 12 331 329 1625      
585154.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus EMRSA16 [B] 0 489 472               1322                 825 823 827   1440     2496   834      
313-32, 415-35
1593 2806 312 310 1327      
Genome ID Organism Variant Code CysS CysK SepRS SepCysS PAPS? PUA COG4027 Fe-S DUF4007 CDS IscU/NifU-like CDS_IscS IscU PApSR APSR PUA3 thiI mj1025 CDS_SufS SufC SufB CObM ppcs PP-loop Rhod BioB Thi4 LipA MoeB SAMS DUF265 *CGS HK HSAT CBL CIMS TEST GMPS Acs TilSlike2
585155.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus H19 [B] 0 1072 1051              
1948, 1844
                2184 2182 2186   1389     970   2193      
595-32, 699-35
1518 282 594 592 1849      
359787.11 Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1 [B] 0 594 577               1756                 902 900 904   1330     2553   974      
445-32, 525-35
1453 43 444 442 1761      
359787.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1 [B] 0 413 2207               1447                 2525 2523 2393   2185     648   2319      
538-32, 722-35
375 984 539 541        
359786.13 Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9 [B] 0 604 587               1779                 914 912 916   1350     2590   991      
452-32, 534-35
1474 45 451 449 1784      
359786.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9 [B] 0 724 2653               271                 2142 2125 2083   982     1505   2057       2190-32 1238 2005 2191 2193 308      
869816.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus JKD6159 [B] 0 512 493              
1636, 1722
                820 818 822   1125     2446   829      
354-32, 440-35
1262 13 353 351 1641      
585156.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus M1015 [B] 0 56 36              
1176, 1263
                379 377 381   681     2107   388      
1937-32, 2010-35
818 2420 1936 1934 1181      
585157.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus M809 [B] 0 178 158               1353                 540 538 542   932     2103   549      
27-32, 101-35
1067 2474 26 24 1358      
585158.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus M876 [B] 0 1030 1013              
2228, 2141
                1349 1347 1351   1655     482   1358      
127-32, 199-35
1785 794 126 124 2146      
Genome ID Organism Variant Code CysS CysK SepRS SepCysS PAPS? PUA COG4027 Fe-S DUF4007 CDS IscU/NifU-like CDS_IscS IscU PApSR APSR PUA3 thiI mj1025 CDS_SufS SufC SufB CObM ppcs PP-loop Rhod BioB Thi4 LipA MoeB SAMS DUF265 *CGS HK HSAT CBL CIMS TEST GMPS Acs TilSlike2
585159.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus M899 [B] 0 644 625               1696                 963 961 965   1261     2537   973      
502-32, 571-35
1392 211 501 499 1701      
548470.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus MN8 [B] 0 1571 2777              
2423, 2511
                1659 1661 1657   155     911   1650      
532-32, 2090-35
494 1372 533 535 2429      
754025.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA131 [B] 0 121 2171              
43, 1064
                849 851 847   554     2462   840      
2303-32, 2223-35
427 353 2304 2306 1059      
754026.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA177 [B] 0 2375 338              
436, 711
                1476 1478 1474   185     1881   1467      
1561-32, 2339-35
636 153 1562 1564 431      
282458.4 Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252 [B] 0 542 523              
1798, 1704
                877 875 879   1190     2539   886      
362-32, 466-35
1342 12 361 359 1709      
282458.1 Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252 [B] 1001 506 487               1609                 819 817 821   1116     2382   828      
336-32, 432-35
1264 12 335 333 1614      
282459.5 Staphylococcus aureus subsp. aureus MSSA476 [B] 0 509 491              
1706, 1619
                819 817 821   1191     2409   829      
352-32, 438-35
1320 12 351 349 1624      
282459.1 Staphylococcus aureus subsp. aureus MSSA476 [B] 1001 482 465               1543                 779 777 781   1138     2294   789      
327-32, 412-35
1262 12 326 324 1548      
196620.5 Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2 [B] 0 513 496              
1639, 1727
                840 838 842   1149     2425   850      
354-32, 443-35
1278 12 353 351 1644      
Genome ID Organism Variant Code CysS CysK SepRS SepCysS PAPS? PUA COG4027 Fe-S DUF4007 CDS IscU/NifU-like CDS_IscS IscU PApSR APSR PUA3 thiI mj1025 CDS_SufS SufC SufB CObM ppcs PP-loop Rhod BioB Thi4 LipA MoeB SAMS DUF265 *CGS HK HSAT CBL CIMS TEST GMPS Acs TilSlike2
196620.1 Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2 [B] 1001 485 468               1572                 797 795 799   1094     2348   807      
335-32, 415-35
1217 12 334 332 1577      
418127.6 Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3 [B] 0 532 515               1653                 860 858 862   1225     2473   934      
362-32, 463-35
1348 12 361 359 1658      
418127.4 Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3 [B] 0 496 479               1496                 787 785 789   1107     2226   845      
334-32, 427-35
1223 11 333 331 1501      
158878.14 Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 [B] 0 535 517               1675                 869 867 871   1245     2510   950      
363-32, 464-35
1368 12 362 360 1680      
585891.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50-omega [B] 0 534 517               1672                 868 866 870   1242     2504   948      
362-32, 464-35
1365 12 361 359 1677      
158878.1 Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 [B] 1001 2779 513               1622                 844 842 846   1211     2425   924      
359-32, 461-35, 460-35
1330 2798 358 356 1627      
158879.11 Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 [B] 0 513 496               1564                 830 828 832   1133     2399   839      
363-32, 444-35
1255 12 362 360 1569      
158879.1 Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 [B] 1001 501 484               1497                 798 796 800   1089     2298   807      
354-32, 432-35
1206 2652 353 351 1502      
93061.5 Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 [B] 0 457 440              
1575, 1664
                772 770 774   1081     2458   782      
312-32, 387-35
1209 12 311 309 1580      
Genome ID Organism Variant Code CysS CysK SepRS SepCysS PAPS? PUA COG4027 Fe-S DUF4007 CDS IscU/NifU-like CDS_IscS IscU PApSR APSR PUA3 thiI mj1025 CDS_SufS SufC SufB CObM ppcs PP-loop Rhod BioB Thi4 LipA MoeB SAMS DUF265 *CGS HK HSAT CBL CIMS TEST GMPS Acs TilSlike2
93061.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 [B] 1001 498 479               1741                 814 812 816   1129     2568   828      
345-32, 423-35
1263 45 344 342 1747      
561307.5 Staphylococcus aureus subsp. aureus RN4220 [B] 0 2151 2003              
117, 2287
                85 87 83   224     1931   75      
1804-32, 760-35
930 2419 1803 1801 2292      
1006543.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus T0131 [B] 0 531 514              
1685, 1590
                870 868 872   1169     2411   879      
333-32, 461-35
1298 13 332 330 1595      
548474.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus TCH130 [B] 0 2095 2406              
2179, 688
                1402 1404 1400   1101     452   1393      
1759-32, 1846-35
975 146 1758 1756 683      
548473.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus TCH60 [B] 0 1401 2366              
1565, 1652
                1076 1078 1074   2142     159   1067      
459-32, 21-35
2005 779 460 462 1647      
548475.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus TCH70 [B] 0 13 2680              
611, 700
                1142 1140 1144   125     1741   1152      
2058-32, 1386-35
251 1441 2059 2061 616      
663951.4 Staphylococcus aureus subsp. aureus TW20 [B] 0 629 610              
1731, 1828
                973 971 975   1286     2716   983      
451-32, 557-35
1419 13 450 448 1736      
367830.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 [B] 1001 447 371               393                 106 104 108   289     522   115      
256-32, 80-35
989 227 255 253 398      
451515.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_FPR3757 [B] 0 576 559              
1724, 1813
                908 906 910   1215     2529   918      
423-32, 506-35
1343 59 422 420 1729      
Genome ID Organism Variant Code CysS CysK SepRS SepCysS PAPS? PUA COG4027 Fe-S DUF4007 CDS IscU/NifU-like CDS_IscS IscU PApSR APSR PUA3 thiI mj1025 CDS_SufS SufC SufB CObM ppcs PP-loop Rhod BioB Thi4 LipA MoeB SAMS DUF265 *CGS HK HSAT CBL CIMS TEST GMPS Acs TilSlike2
451516.9 Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 [B] 0 566 549              
1802, 1713
                914 912 916   1219     2519   923      
413-32, 496-35
1347 45 412 410 1718      
450394.6 Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH959 [B] 0 434 2684              
880, 968
                42 40 44   407     2211   117      
2125-32, 2241-35
572 1730 2124 2122 885      
585160.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus WBG10049 [B] 0 53 36               1162                 374 372 376   676     2248   383      
1892-32, 1971-35
813 2560 1891 1889 1167      
585161.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus WW2703/97 [B] 0 392 373               1344                 584 582 586   1069     2299   594      
94-32, 318-35
1159 2572 93 91 1349      
505321.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus str. CF-Marseille [B] 0 1144 682               2144, 437                 2426 2424 2428   1069     213   1930      
2074-32, 1253-35
2003 2402 2075 2077 2814      
546342.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus str. JKD6008 [B] 0 2657 1584              
934, 2067
                188 186 190   1210     1533, 1532   198      
2537-32, 1792-35
92, 93 2586 2536 2534 2072      
546342.4 Staphylococcus aureus subsp. aureus str. JKD6008 [B] 0 560 541              
1678, 1774
                918 916 920   1233     2595   928      
353-32, 487-35
1366 13 352 350 1683      
546343.3 Staphylococcus aureus subsp. aureus str. JKD6009 [B] 0 1056 2356              
1132, 2412
                1962 1960 1964   2057     1326   1972      
2729-32, 309-35
2151, 2152 1565 2728 2726 1127      
426430.8 Staphylococcus aureus subsp. aureus str. Newman [B] 0 538 521              
1653, 1742
                855 853 857   1227     2528   865      
385-32, 468-35
1354 12 384 382 1658      
Genome ID Organism Variant Code CysS CysK SepRS SepCysS PAPS? PUA COG4027 Fe-S DUF4007 CDS IscU/NifU-like CDS_IscS IscU PApSR APSR PUA3 thiI mj1025 CDS_SufS SufC SufB CObM ppcs PP-loop Rhod BioB Thi4 LipA MoeB SAMS DUF265 *CGS HK HSAT CBL CIMS TEST GMPS Acs TilSlike2
426430.6 Staphylococcus aureus subsp. aureus str. Newman [B] 0 494 477              
1561, 1478
                769 767 771   1086     2252   777      
354-32, 425-35
1206 11 353 351 1483      

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First digit cysRS: 1 or 0

Second digit sepRS: 1 or 0

Third Digit PAPS-RNAbinding: 1 or 0

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